أقسام المعهد :

1- أقسام علمية وتشمل (التآكل والمعادن – الكيمياء – الأحياء البحرية والبيئة)

.2- أقسام هندسية وتشمل (الحراريات – التناضح العكسي)

.3- أقسام مساندة وتشمل (التخطيط – الشئون الإدارية – المحطات التجريبية) .