أهداف المعهد :

1- توطين وتطوير تقنيات تحلية المياه المالحة

.2- التميز في أبحاث تحلية المياه المالحة .

3- خفض تكاليف إنتاج المياه المحلاة

.4- إيجاد الحلول العلمية للمشاكل التي تتعرض لها محطات التحلية وأنظمة نقل المياه .

5- مراقبة جودة المياه المنتجة والمحافظة على الوضع البيئي حسب المقاييس الوطنية والعالمية

.6- تسويق خدمات المعهد محلياً وعالمياً ، وتطوير إجراءاته ليعمل على أسس تجارية

.7- تطوير الكفاءات السعودية المتخصصة في أبحاث تحلية المياه المالحة

.8- تنمية القدرات العلمية والفنية بالتعاون مع الجهات البحثية المحلية والعالمية .